অভিযোগে জানা যায়, অবৈধ সুপার একই সাথে কয়েকটি পদের দাবীদার শরীফ উদ্দিন আহমদ মাদ্রাসায় দলবাজী করে অধ্যক্ষ পদটি দখল করে রাখার লালসায় গত ২ মার্চ ২০১২ইং তারিখে দৈনিক ইনকিলাব পত্রিকায় অধ্যক্ষ নিয়োগের বিজ্ঞপ্তি প্রকাশ করান। নিয়মতান্ত্রিকভাবে অধ্যক্ষ পদে দরখাস্তকারী প্রার্থীরা নিয়োগের সাক্ষাৎকার পত্র পেয়ে গত ৪ জুন ২০১২ইং তারিখে মাদ্রাসার কার্যালয়ে নিয়োগ বোর্ডে উপস্থিত হন। অত্র মাদ্রাসায় অধ্যক্ষ নিয়োগ আবেদন বাছাই কমিটির সদস্য ও শিক্ষানুরাগী সদস্য মুজাহিদ মিয়া শরীফ উদ্দিন আহমদের অধ্যক্ষ পদে প্রার্থী হওয়ার অযোগ্যতা উল্লেখ করে অধ্যক্ষ নিয়োগ বোর্ডের প্রধান ডিজির প্রতিনিধিকে একটি অভিযোগ দাখিল করলে ডিজির প্রতিনিধি বৃন্দাবন কলেজের ইতিহাস বিভাগের বিভাগীয় প্রধান তখন নিয়োগের যাবতীয় কার্যক্রম স্থগিত করে দেন। এই সময় ও সুযোগে অধ্যক্ষ প্রার্থীর অযোগ্যতার লড়াইয়ে ঠিকবে না বলে অবৈধভাবে সুপার নিয়োগ হন। আলিম মাদ্রাসায় অধ্যক্ষ নিয়োগের বিধান থাকলেও পদলোভী ও অর্থলোভী শরীফ উদ্দিন আহমদ আলিম মাদ্রাসাকে দাখিলের স্বীকৃতিসহ দাখিল স্তর দেখিয়ে সেই অনুযায়ী সকল কার্যক্রম গ্রহণ করে বেতন ছাড়করণ কর্তৃপক্ষের নিকট আলিমের তথ্য গোপন করে অবৈধভাবে সুপারের স্কেলে বেতন ভাতা গ্রহণ করছেন। অবৈধ সুপার শরীফ উদ্দিন আহমদ অভিযোগের দায় এড়াতে ও তদন্ত রিপোর্ট নিজের পক্ষে আনতে সংশ্লিষ্ট বিভিন্ন মহলে তদবির ও দৌঁড়ঝাঁপ শুরু করেছেন।